厦门大学医学院设有基础医学部、临床医学系、中医学系、护理学系、眼视光学系和 口腔医学系，拥有国家级医学虚拟仿真实验教学中心、国家级临床技能综合培训中心、厦门大学健康医疗大数据国家研究院等国家级教学与科研平台。
学院历来重视教师队伍建设，遵循引培并重原则，经过20多年的发展，吸引、聚集了一支包括两院院士、长江学者 特聘教授、国家百千万人才、国家杰出青年基金获得者、国家优秀青年基金获得者及各类省市荣誉称号获得者在内的具有竞争力的优秀教师队伍。学院现有专任教师110人，其中教授39人、副教授43人，助理教授28人；具有博士学位教师占91%，拥有一年以上海外经历的教师占64%。
此外，学院还拥有一支560余人的临床教师队伍，分布在10家附属医院，涵盖内科、外科、妇产科、儿科、肿瘤医学、神经科学等多个临床学科。临床教师队伍中，副教授以上职称224人，占40%；具有硕士以上学位的教师占88.4%，其中博士占46%。
学院坚持以培养医学精英人才为目标，大力推行教学改革，创新人才培养模式，致力于培养具有坚定正确的政治方向， 基础知识厚、临床技能实、人文素养深、创新能力强、具有家国情怀和国际视野的高水平大医学类人才。学院现有全日制在校生2525人，本科生1504人（其中MBBS留学生357人）、硕博研究生1021人。另外，还有在籍海外留学函授生2000余人。
学院在人才培养上的改革创新不断结出丰硕果实，2012年，拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点项目获批全国首批卓越医生教育培养计划试点立项，人才培养质量已经进入国家队。近五年来，研究生以第一作者身份共发表近500篇SCI文章。毕业生就业率达95%以上，就业率、就业质量稳居全校前列，呈现稳中有升的良好局面。
学院积极实施创建一流的方略，优化学科平台和科研创新团队，提升学科的核心竞争力，科研能力和水平显著提高，取得日益丰硕的科研成果。学院已拥有6个国家临床重点专科，1个国家级健康医疗大数据研究平台。2013年以来，在科技部 973计划项目、国家重点研发计划项目及国家自然科学基金等国家级研究项目上获得近300项资助，累计获得各类科研经费达2亿余元，获省部级以上科技奖励20项。2017年，临床医学学科进入ESI排名全球前0.1-0.5%。医学院的学术团队在《科学》、《自然》、《细胞》系列等国际顶尖科学与医学杂志频频亮剑，这标志着医学院的科研队伍已经登上了国际医学科学的舞台。
坚持国际化办学理念，积极推进与境内外知名大学开展实质性、深层次的紧密合作，拓展对外交流和国际化人才培养的渠道。学院开设的MBBS专业，目前有亚非拉等不同国家350余名在校留学生，约占厦门大学全日制在校留学生总数的四分之一。中医系是我国开展海外中医教育的先行者，从1956年起，累计为许多国家和地区培养了22000余名中医人才。2016年，我校马来西亚分校开始招收全日制中医本科生，进一步扩大了中医学科的国际影响力。
附属医院的建设是办好高等医学教育的关键和保证。二十多年来，医学院敢为人先，先行先试，开拓附属医院建设的新路径，以厦门为中心，辐射福州、漳州，拥有了 直属附属翔安医院、附属中山医院、附属厦门眼科中心、附属东南医院、附属东方医院、附属第一医院、附属成功医院、附属福州第二医院、附属心血管病医院、附属妇女儿童医院等10家附属医院。 目前附属医院总床位数已达13000多张，年门急诊量1200万人次，手术量29万台。一方面，附属医院为医学院学生培养提供了优质临床资源。另一方面，依托厦门大学的学科优势，附属医院形成了医教研三位一体格局，极大促进临床学科人才的引进，涌现出一大批在全省乃至全国有特色、有亮点、先进一流的医疗技术，提高了附属医院社会服务能力和科学研究能力。附属医院所获得的国家自然科学基金资助项目数，位列全省医院前列。形成了院有品牌、科有特色、人有专长的良好格局，极大地提升了厦门及福建的医疗卫生水平，已经成为辐射海西乃至全国的医疗重镇。
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